La Academia se fundó el 21 de enero del 2014, en Puerto Cabello, Estado Carabobo, siendo el primer equipo fuera de Valencia, en representar al Estado en Primera División.

Se inscribió en Tercera División para la Temporada 2014/15, debutando el 6 de septiembre del 2014 con victoria 2-0 ante Bejuma FC. En su primera Temporada finalizó Primero en el Grupo Centro-Occidental, con un récord de 12 victorias, 1 empate y 1 derrota. Sacándole 10pts. al segundo puesto que lo ocupó Ortíz FC. Lo que le permitió jugar el Torneo de Promoción y Permanencia 2015, en el cual debutó el 31 de enero del 2015 con empate 1-1 ante Arroceros de Calabozo.

La Academia finalizó segundo de su grupo, sólo por detrás del Gran Valencia FC por diferencia de goles, pero le permitió asegurar el ascenso a Segunda División para la siguiente temporada.

Debutó en Segunda División el 17 de Julio del 2015 ante Gran Valencia FC, en el Torneo Adecuación del 2015, finalizó segundo del Grupo Central con un total de 21pts., con un récord de 6 victorias, 3 empates y 1 derrota, sólo detrás de la Universidad Central por 2pts. El segundo puesto le permitió clasificar al Torneo de Ascenso 2015, pero en esta oportunidad finalizó penúltimo con 9pts. bastante lejos del ascenso a Primera División.

La Academia debutó en la Copa Venezuela en el 2015, el 22 de julio, ante Yaracuyanos FC con empate 1-1 y en la vuelta también fue empate 2-2 clasificando al equipo portuario por diferencia de goles. En esta competencia siguió en la segunda vuelta cayendo en penales ante Carabobo FC, (3-1 y 1-3 respectivamente)

El equipo carabobeño debutó en Segunda División en la Temporada 2016 con victoria 2-0 ante Tucanes de Amazonas, en esta temporada, fue líder del Grupo Central del Apertura con 30pts. Repitió dósis en el Clausura finalizando segundo con 23pts. y asegurando el liderato de la tabla acumulada con 53pts, con un récord de 15 victorias, 8 empates y 5 derrotas, asegurando la clasificación al Cuadrangular Final. En la fase final, la Academia se ubicó en el Grupo B, pero finalizó segundo del grupo apenas con un punto por detrás de Atlético Socopó, quedando fuera de las posibilidades de ascender a Primera División.

Para la Temporada 2017, Puerto Cabello volvió a pisar fuerte en Segunda División, finalizando tercero del Grupo Central con 45pts y un récord de 13 victorias, 4 empates y 11 derrotas, lo que le permitió clasificar al Hexagonal Final, pero en esta fase, el equpo naranja quedó fuera de la Final por 3pts. por detrás de Gran Valencia FC quién disputó la Final y ganándose el ascenso a Primera División.

Gran Valencia disputó la Final de Segunda División ante Estudiantes de Caracas ganándo el partido de ida el 17 de diciembre del 2017 por resultado 2-0. Pero la vuelta jugado tres días después, el conjunto valenciano debió ser sede en el Misael Delgado pero no fue jugado por decreto, no pudo hacer uso del estadio de la capital carabobeña por que el Gobernador del Estado, Rafael Lacava (y dueño del equipo), no se lo permitió. La FVF resolvió la desclasificación del Gran Valencia y en titular a Estudiantes y ascender a Primera División a la Academia Puerto Cabello.

La Academia debutó en Primera División el 28 de enero del 2018 con empate sin goles ante Metropolitanos FC. Este Apertura, el equipo finalizó 14to con 4 victorias, 5 empates y 8 derrotas, lejos de la clasificación, en el Clausura no será diferente, mejorando un puesto. En general la Temporada 2018, el equip finalizó 14to con un récord de 7 victorias, 14 empates y 13 derrotas, para mantener la categoría.

El conjunto carabobeño ha disputado 5 Copa Venezuela, la ya mencionada del 2015 y en sucesivas ediciones en 2016, 2017, 2018 y 2019. Su mejor participación fue en la edición del 2019, donde venció a TFC Maracaibo en un global de 5-3, venciendo en Octavos de Final a Trujillanos FC por un global de 4-3, al Zulia FC con global de 3-0 y terminar cayendo en la Semi-Final ante el Zamora FC con un global de 3-2.

Para la Temporada 2019, el conjunto naranja se reforzó con Carlos Maldonado como Director Técnico y contó con figuras como Eduardo Herrera, Robert Garcés, Emilio Rentería entre otros jugadores, pero no fue diferente para el club subiendo un par de puestos en la Acumulada y finalizar 12do con 6 victorias, 8 empates y 5 derrotas y la Temporada 2020 fue cancelada durante sus primeras jornadas debido al COVID-19, el club jugó 5 partidos, ubicándose 11vo.

Pero en el Torneo Normalización 2020, el club naranja se ubicó en el Grupo A con sede en Valencia. En este torneo la Academia logró un impresionante tercer puesto, con 26pts. con un récord de 6 victorias, 8 empates y 2 derrotas clasificando por primera vez a la Copa Sudamericana.

Debutó en la Copa Sudamericana el 18 de marzo del 2021 con derrota 2-0 ante Metropolitanos FC en una Primera Ronda dónde se enfrentaron equipos del mismo país, en la vuelta, el 8 de abril, el equipo volvió a caer, pero esta vez por la mínima para quedar fuera de la Fase de Grupos.

En la Temporada 2021, el conjunto naranja se ubicó en el Grupo Central, dónde finalizó tercero con 34pts, con un récord de 8 victorias, 10 empates y 6 derrotas, logrando clasificar al Hexagonal B para la posibilidad de clasificar a la Copa Sudamericana 2022, quedó fuera de la clasificación al Hexagonal A por diferencia de goles ante el Deportivo Lara. Pero en la Fase Final no tuvo tanto éxito apenas consiguiendo 1 victoria en 8 partidos quedando sin posibilidad de clasificar al torneo internacional.

La Temporada 2022 será la de consolidación del club, durante la Ronda Regular, el club consiguió 11 victorias, 8 empates y 11 derrotas para ubicarse en el séptimo puesto, suficiente para clasificar a uno de los dos cuadrangulares finales que dan acceso a un cupo a la Copa Sudamericana, durante la Temporada, Juan Domingo Tolisano, tomó las riendas del club para dirigir el club durante gran parte de la zafra. En la Fase Final B, junto al Deportivo Táchira, Portuguesa FC y Deportivo Lara, el conjunto carabobeño logró un segundo puesto, con un récord de 3 victorias, 1 empate y 2 derrotas. Este puesto le da acceso a uno de los cuatro cupos a la Copa Sudamericana 2023 por segunda vez en su historia y de forma consecutiva.