Poco se conoce sobre la fundación de la Academia Maracay. Participó en dos temporadas en la Tercera División, 2003/04 y 2004/05.
Debutó en Tercera División el 9 de noviembre del 2003 con triunfo 2-1 ante la Salernitana del Tuy. Durante su temporada debut, finalizó último en el Grupo Central "B" de seis equipos, sin triunfos, con 4 empates y 5 derrotas.
La Temporada siguiente, la Academia volvió a probar suerte, pero igualmente, sin demasiado éxito, con 2 victorias, 2 empates y 6 derrotas.
El equipo no volvió a participar en un torneo de la FVF y se desconoce si sigue activo en categorías juveniles del Estado Aragua.